Im Jahr 1351 wurde durch den Bischof von Zeitz/Naumburg die Kirche Sankt Marien geweiht. Das Gotteshaus, das im gotischem Stil als Hallenkirche errichtet wurde, wurde sodann seiner Bestimmung übergeben. Eine Vielzahl von Stadtbränden beschädigten das Gotteshaus und recht häufig wurde es wieder neu errichtet. Mit der barocken Innenraumgestaltung durch Herzog Johann Adolph I. und dem Einbau der Orgel durch Ladegast waren die baulichen Änderungen abgeschlossen. Im Jahr 2000 war die St. Marien die "Kirche des Jahres" in Sachsen-Anhalt.
Der Innenraum der Kirche besticht durch ihre modernisierte barocke Ausgestaltung, durch eine Ladegastorgel und nicht zuletzt durch die historistischen Kirchenfenster, die in die gotischen Maßwerke eingefasst wurden. Die Asymmetrie der Kirche ist im Innenraum kaum merklich, dafür ist die Gestaltung der Emporen mit kleinen hölzernen Platten, die kunstvoll bemalt wurden um so schöner. Auf dem Marmoraltar ist Jesu im Garten Gethsemane zu sehen, die Altarfiguren zeigen König David und den Weinbauern. Ebenso schön ist die barocke Kanzel, die der Reformation folgend im Kirchenschiff zu finden ist und der vom Herzog Johann Adolph I. gestiftete Taufstein.
Die Ladegastorgel, die 1990 aufwendig restauriert wurde und die vom Weißenfelser Verschönerungsverein in Auftrag gegebenen Figuren des Reformators Martin Luther und des Schwedenkönig Gustav II. Adolph, von Professor Haase geschaffen, runden den Innenraum ab.
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