Mit dem Bau des Schlosses Neu-Augustusburg wurde die Kirche Sankt Trinitatis in den Bau intigriert. Der Grundstein dazu wurde 1668 durch Herzog August gelegt. 1673 war der Einbau der Orgel durch Christian Förner beendet und der gesamte Kirchenbau inklusive der aufwenigen Stuckarbeiten durch die Italiener Giovanni Caroveri und Bartholomeo Quadro, sowie dem Altar durch Johann Heinrich Böhme, sie Säulen geschaffen durch den Marmorbildhauer Johann Jacob Schönig und die Kreuzigungsgruppe von Böhme und Balthasar Stockhammer, sowie die Malereien von Johann Oswald Harms, 1682 beendet.
1682 wurde die Kirche evangelisch-lutherisch geweiht. Anders als viele andere Kirche ist diese nicht von West nach Ost (mit dem Altar im Osten) ausgerichtet, von Süd nach Nord, mit dem Altar im Norden. Der Raum ist eine dreigeschossiger Raum mit Pfeilerarkaden in der Tradition der Spätrenaissance. Der Altar und die Kreuzigungsgruppe bestechen durch ihre Klarheit und Echtheit. Man mag fast Lebendigkeit in den Figuren erkenen.
Im Original war die Kanzel im Altar eingebaut, so dass der Kanzelaltar ganz dem evangelisch-lutheranischen Gedanken innestand, in dem die frohe Botschaft der Mittelpunkt sei und nicht das Leiden Christi. Heute steht sie links vom Altar an der Seite im Altarraum, an die Kanzel wurde eine Treppe angefügt, ebenso ein neuer Kanzeldeckel mit einer Putte angebracht. Vergleicht man die Putten unter der Kanzel, die den Anker (des Glaubens) tragen mit der Putte auf dem Kanzeldeckel, die auf der Weltenkugel steht und das göttliche Feuer in der Hand hält, so erkennt man, dass sie aus verschiedenen Zeiten stammen, denn 1749 wurde die Kanzel aus dem Altar herausgebrochen und hier ein Altarbild von Christian Rauschner eingefügt. Dies ist dem katholischen Glauben des Kurfürsten anzulasten, der nach 1746 (dem Tod Herzog Johann Adolph II.) hier wieder die Regentschaft übernahm. Über die Darstellung des Altarbildes gibt es zwei Theorien:
- Verkündigung der Jungfrau Maria: dafür spricht die Lilie die der Engel bringt, dagegen jedoch, dass die dargestellte Person schreibt und eine schreibende Maria ist selten, wenn nicht sogar einmalig.
- Johannes schreibt sein Evangelium nieder: dafür spricht, dass die dargestellte Figur schreibt, der Engel über der Figur, der ihm zu diktieren scheint, dagegen die Lilie.
Die meisten Historiker halten sich an die erste Theorie, die jedoch, beschaut man sich mal die Emporenbilder genauer, fast abwägig, wieso sollte man zwei Mal die selbe Szene so nahe am Altar darstellen? Denn das Emporenbild rechts vom Altar zeigt die Verkündigung der Jungfrau Maria.
Auf der unteren Empore sind die Bilder des Neuen Testamentes abgebildet, darüber das Gegenstück aus dem Alten Testament, so zum Beispiel als Gegenstück zur Geburt Jesu, die Geburt Mose. Die bilder sind in einem grüngrau gehalten und somit perfekt in das Farbkonzept der Kirche eingefasst. Auch finden dich Medallions zwischen den Bögen der untersten Etage. Alle diese zeigen biblische und mythologische Darstellungen, die sich im Christlichen Glauben wieder finden. So auch der Phönix.
Ein besonderes Augenmerk sollte man auf die Kreuzigungsgruppe werfen. Maria, die links (zur herzoglichen Loge hin) und Johannes der Täufer, der rechts neben dem gekreuzigten Jesu sehen, haben eine Lebendigkeit, die eine perfekte Illusion schaffen. Die etwas überlebensgroßen Personen haben soviele Details, dass man sogar die Haare in der Frisur der Figuren genau ausmachen kann.
Selbes gilt auch für die Darstellung des Heilands. Sein Leiden ist schon fast der Erlösung gewichen und der Schmerz, den seine Wunden ausgelöst haben müssen, ist beinahe schon nicht mehr zu sehen. Anders als man das sonst von einer Kreuzigungsdarstellung kennt, hat Jesu hier die Hände direkt über dem Kopf. Durch den Kanzeldeckel und dessen Verzierung (die ja in der oberen Hälfte es Altars zu finden ist) ist die Befestigung des Kreuzes auf der Halbempore kaum zu erkennen..
Die Engel auf dem Kanzeldeckel sind perfekte Illusionen, denn sie sind aus bemaltem Holz und nicht etwa aus Marmor, wie die anderen Figuren am und auf dem Altar. Zwischen ihnen befindet sich die göttliche Dreifaltigkeit in Form eines Dreieckes mit drei Blutstropfen umrahmt von einem Strahlenkranz. Hinter dem Altar befindet sich der Aufgang zur Kanzel (heute durch eine Tür versperrt) und zur Halbempore, auf der der Chor gestanden hat.
Die Stuckarbeiten der beiden Italiener sind in ihrer Form einzigartig. Kein Ornament findet sich ein zweites Mal, jedes ist ein Unikat und um ihre Arbeit zu krönen, haben sie sich selbst auch in der Kirche in einem kleinen Puttenkopf verewigt. Die gesamte Kirche wurde in altrosa, taubenblaugrün und kalkweiß gehalten, eine Ausnahme bildet der Altar, hier finden sich auch noch goldene Ornamente und schwarzer und weißer Marmor.
Selbst die Orgel wurde durch musizierende Engel verschönt. Auf dem Tonnengewölbe finden sich im mittleren Teil die Engel mit den Insignien der Kreuzigung, von der Leiter, bis zum Kreuz, über die Würfel und den Hahn bringen die traurigen kindlichen Englein alles, was zur Kreuziung gebraucht wurde, Eine Kassette daneben finden sich Engelsköpfe abgelöst von floralen Ornamenten und eine weitere Kassettenreihe daneben sind musiziernde Engel zu finden. Immer wieder findest sich das Muschelornament, Palmenwedel und Lorbeerranken. Alle Früchte und Pflanzen, von der Palme ausgenommen, sind heimisch und wuchsen und wachsen auch heute noch an und um die Saale, so finden sich hier besonders oft Wein, Kürbis, Sonnenblumen und auch Flachs. Heimische Tiere jedoch sucht man vergebens.
Unter dem Altarraum befindet sich das Fürstenbegräbnis mit 38 Sarkophargen der Herzöge. Das Erbbegräbnis der Herzöge von Sachsen-Weißenfels gehört zu den bedeutensten barocken Sargsammlungen Deutschlands.
Als das Schloss nach 1757 teilweise als Kaserne oder Kadettenschule genutzt wurde, fand die Kirche auch eine Nutzung als Militärkirche. Aus dieser Zeit finden sich sogar noch historische Grafittis. Die jungen Männer kratzten mir spitzen Gegenständen in die Figuren auf der Halbempore ihre Namen ein.
In den Kriegen wurden hier oft und viele Gottesdienste für die Männer und Frauen im Feld gehalten. Heute ist hier die Evangelisch-Lutherische Kirchengemeinde Sankt Trinitatis beherbergt. Die angrenzende Pfarrwohnung wird durch den Superintendant und seiner Familie bewohnt.